1937年深秋，为躲避战乱，中国医生成贤（秦汉饰）携带怀有身孕的日本妻子理惠子（早乙女爱饰）和孩子从上海逃到南京老家，他没想到南京也差不多快被侵华日军夷为废墟被告知可以进入欧美列强势力保护的安全区避难时，成贤认为自己与难民身份不同没做理会，投靠了老朋友继续行医。以小学教师刘天琴（刘若英饰）为代表的同胞的悲剧令他震惊愤怒，但他认为自己首要任务不是反抗暴敌而是尽职做好一名医生。同年冬天12月13日，南京全面沦陷，日军开始在南京疯狂烧杀淫掠，成贤终于意识到日军的残酷麻木，让妻子先行一步去安全区躲避，自己则留下来继续救死扶伤，他不知道的是，安全区早已名存实亡，而要反抗时，他发现已无可能。