故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」 在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「link VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「link VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。