持续旅行的小智一行人，来到了被丰富自然的河川环绕的城镇米季纳这个城镇里拥有数千年前的遗迹，小智等人在巨大的岩山上朝遗迹前进。突然，遗迹附近的湖刮起了水龙卷并向小智等人逼近，就在快被龙卷风卷入时，出现了一名女性。这位名叫希娜的女性，是遗迹的守护者，拥有与神奇宝贝心灵相通的能力。在希娜的邀请下，让小智他们使用时空仪来说明有关帝牙卢卡、帕路奇犽、骑拉帝纳的空间，并说起了在米季纳关於被称为诞生一切的幻之神奇宝贝阿尔宙斯的古老传说……