小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。在旅途中，他们的之间的隔阂逐渐打破，并认识了同行的伙伴诚子（佐藤刊里 配音）与宗次（本乡奏多 配音），并听到了有关凤王的传说。“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士...”该动画继续讲述小智与皮卡丘踏上成为宝可梦大师的冒险之旅。