強納森是一名棄嬰，剛出生就被放置在孤兒院前，幸好一名船長認養了他，並供給他唸寄宿學校只是聰明但又調皮的強納森連續被五個學校退學，養父最後幫他找到一所「聖湯瑪士合唱寄宿學校」。強納森在機場見一隻狗被主人遺棄，便將牠帶往學校，但因學校禁止養狗，在室友的建議下將小狗養在他們的秘密基地──一座以拖車蓋成的屋子。沒想到此時來了一名自稱是巴布的人，謂此處是他的產業。眾人無奈離去，但巴布似乎認得學校教音樂的波克老師，遂答應照顧小狗，而且也歡迎眾人到「秘密基地」玩。由於寄宿學生與當地的學生常發生摩擦，在舉行聖誕音樂合唱之前，保管樂譜的塞巴修被當地學生關到一間地下室並放火燒了樂譜。馬丁、尤里、馬斯及強納森立刻呼朋引伴前去救人，雙方約定挑一人單打，結果馬斯勝了，但對方仍不放人，雙方展開一場雪球大戰。強納森利用雙方混戰之際救出了塞巴斯，眾人急急趕到教堂時，正好趕上了大合唱。波克本來很生氣，但在聽了強納森的敘述後反而說了一段往事。謂學校以前有兩位要好的同學，叫羅勃的因母親重病而荒廢了練唱，遂被學校罰勞役，卻由另一位同學代勞，沒想到後來羅勃偷跑至西德探望父親，害得另一位被退學，而此人正是波克。波克答應儘量不讓強納森退學，也希望同學們能自行排練一齣戲以便在聖誕節前夕演出。強納森在拖車內找到一些繞舌歌詞，於是決定以詞曲上的名字「飛行教室」作為主題訴求，但沒想到波克聽到後竟憤怒地禁止他們演出。強納森激動得踢翻舞台上的道具，結果引起一場火災，幸好不是很嚴重。當強納森道出眾人心聲時，波克也說出他與羅勃的過去往事，只是現在不知羅勃身在何處。眾人已知羅勃即是巴布，遂帶波克前去見羅勃，兩名重逢的老友緊緊相互擁抱。眾人知波克可能會被解僱，於是利用合唱之後演出了舞台歌舞劇，不但感動了校長，而學醫的羅勃也答應留在學校擔任校醫。